Chrám sv. Michala, dříve klášterní kostel dominikánů, patří k nejvýznamnějším olomouckým svatyním a výrazným dominantám městského panoramatu. Ve své historii, která je spojená s řádem dominikánů, prošel řadou stavebních proměn.

Počátky trvalého usazení dominikánů v Olomouci lze s největší pravděpodobností klást mezi léta 1238-1240. Areál kláštera byl položen do jihovýchodní části lokačního města, mezi vrchol kopce nad městskými tržišti a městskou hradbu. Intenzivní osídlení Michalského kopce lze dle archeologického výzkumu prokázat již kolem roku 200.

Nejstarší užívanou budovou kláštera, kterou dominikánům daroval spolu s pozemkem král Václav I., byla kaple sv. Michala. Její podoba ani přesná poloha nejsou známy a z původních klášterních staveb ze 13. století se zachovaly pouhé fragmenty – klenby v barokní sakristii, okno a část portálu kapitulní síně a architektonické prvky druhotně použité ve zdivu kaple Navštívení Panny Marie (dnes sv. Alexia) a lodi kostela.

Přestože o podobě gotického konventního kostela nemáme mnoho dokladů, lze bezpečně rekonstruovat jeho půdorys. Šlo snad již o částečně klenuté trojlodí s příčně obdélným nebo polygonálně ukončeným presbytářem na východě, odpovídajícím svou šíří hlavní lodi. Sakristie a klášterní budovy přiléhaly k jižní straně chrámu, průčelí kostela i kláštera bylo orientováno do postupně vznikajícího náměstí. Na konci 14. století pokračovalo budování kláštera přestavbou kapitulní síně, kterou vystřídala kaple Navštívení Panny Marie (po roce 1740 sv. Alexia), založená zřejmě Václavem z Doloplaz kolem roku 1380. Z původní stavby se dodnes dochoval vstupní portál a pětiboce ukončený presbytář. Krátce před tím bylo započato také s budováním ambitu, v jehož východním křídle se zachovaly fragmenty pozdně gotických maleb. Na přelomu 14. a 15. století postihly klášter dva ničivé požáry, první roku 1398, druhý 1404. Četnými sbírkami, dary a odkazy se však brzy podařilo způsobené škody napravit. V průběhu 15. století byla dostavěna a upravena křížová chodba i konventní kostel. Dosavadní plochostropé trojlodí vystřídala klenba hlavní lodi i obou bočních. Z roku 1482 pochází samostatně stojící hranolová věž – zvonice – situovaná mezi jihozápadní nároží kostela a západní křídlo ambitu.

Koncem 17. století a začátkem 18. století došlo k rozsáhlé přestavbě kostela i kláštera v duchu raného baroka. Autorem projektu přestavby chrámu, která proběhla v letech 1676 – 1699, byl Giovanni Pietro Tencalla, císařský architekt a inženýr ve Vídni, jehož návrhy pravděpodobně upravil další italský architekt působící na Moravě – Domenico Martinelli. Stavební práce pokračovaly až do roku 1703 a úpravy interiéru až do vysvěcení chrámu v roce 1707. Původní gotická stavba byla zvýšena a na západě i na východě mírně prodloužena. Přestože byl základní půdorysný rozvrh ponechán, jeho smysl byl změněn. Podélnou orientaci gotického síňového trojlodí nahradil sálový prostor se třemi přibližně čtvercovými poli hlavní lodi, které jsou koncipovány jako statické útvary vymezené kosým natočením koutových pilastrů a zaklenuté kopulemi na osmibokých tamburech, z nichž prostřední mírně převyšuje sousední. Boční lodě byly přeměněny na mělké, vzájemně izolované kaple, propojené jen úzkými průchody. Kněžiště v podstatě odpovídalo prvnímu poli lodi, za oltářem následoval hluboký mnišský chór (k propojení prostoru lodi a mnišského chóru došlo až v roce 1894). Nový konventní kostel byl vysvěcen 9. května 1707 olomouckým světícím biskupem Františkem Juliem z Braidy. Na svou dobu šlo v rámci středoevropské architektury 17. století o výjimečnou stavbu a první kupolovou stavbu severoitalského typu na Moravě. Lze jen litovat, že její hlavní průčelí zůstalo buď nedokončeno nebo bylo později změněno.

Zanedlouho po vysvěcení nového kostela vypukl v Olomouci velký požár (21. července 1709), který zasáhl také klášter dominikánů. Následné opravy a úpravy interiéru kostela pokračovaly nejméně následujících dvacet let. V roce 1711 byla pořízena nová dlažba, kostelní lavice a varhany. Z této doby pochází také oltář Panny Marie Čenstochovské a sochy dvanácti apoštolů na pilířích mezi postranními kaplemi. Roku 1723, za převora Bedřicha Majera, byly pořízeny nové barokní oltáře v lodi kostela a o rok později také chórové lavice, které si dominikáni po roce 1784 přenesli na své nové působiště do kostela Neposkvrněného početí Panny Marie. Za převora Tomáše Pleinera byl v roce 1730 pořízen také nový hlavní oltář. Z oltáře z roku 1707 byla použita pravděpodobně pouze menza obložená umělým mramorem. Dnešní podoba oltáře je však až výsledkem úprav z konce 19. století.

Do dalšího vývoje dominikánského konventu v Olomouci zasáhly josefínské reformy. Dvorským dekretem z 26. července 1784 byl klášter zrušen. Konvent dominikánů však mohl díky intervenci arcibiskupa Antonína Theodora hr. Colloredo-Waldsee (1777-1811) přesídlit do zrušeného kláštera bernardinů s kostelem Neposkvrněného početí Panny Marie na olomouckých Bělidlech. Kostel sv. Michala byl stejným dekretem prohlášen za farní a budovu dominikánského konventu převzal arcibiskupský seminář, část v těsném sousedství kostela připadla nově vytvořené faře. V této době získalo průčelí kostela také dvě barokní sochy ze zrušeného kostela Panny Marie na Předhradí (z ohradní zdi hřbitova), dílo Ondřeje Zahnera z 30. let 18. století.

V průběhu následujících desetiletí prošel objekt kláštera výraznými stavebními úpravami. První z nich byla iniciována olomouckým arcibiskupem, kardinálem Maxmiliánem Josefem, svobodným pánem Somerau-Beeckhem (1837-1853). Přestavba byla svěřena arcibiskupskému architektu Antonínu Archemu, jehož návrh provedený v letech 1835-1842 změnil také urbanistické řešení náměstí. Původně dvoupodlažní budova byla zvýšena o další patro a výraznou klasicistní úpravu doznalo také nové řešení schodiště před západním průčelím s přiloženým sloupovým portikem. Na počátku 20. století z iniciativy arcibiskupa Františka Bauera (1904-1915) došlo k dalšímu stavebnímu rozšíření semináře podle projektu Jaroslava Kováře st., pod kterým definitivně zmizel areál bývalého barokního klášterního dvora. Z původní dispozice kláštera zůstaly zachovány vedle jádra kostela pouze ambit s kaplí a přilehlými prostory na jeho východní a západní straně a stavba zemských stavů.

Na samém konci 19. století došlo k rozsáhlým úpravám interiéru chrámu. Iniciátorem restaurace byl svatomichalský farář P. Ignác Panák (farářem 1885-1921). Práce proběhly v letech 1892-1898 podle projektu architekta Richarda Völkera (upravoval rovněž interiér olomouckého dómu sv. Václava) a po celou dobu byly sledovány vídeňskou Centrální komisí pro výzkum a zachování památek. Jejich podobu lze charakterizovat jako jistý kompromis mezi puristickou historizující metodou a konzervátorským pojetím.

Poměrně střízlivá štukatérská a malířská výzdoba původního barokního interiéru kostela s bíle natřenými stěnami dostala zcela odlišný výraz. Plochy pilířů v lodi kostela byly obloženy umělými mramory červeného zabarvení, vápennou líčku stěn nahradilo iluzivní mramorování v odstínech od světlého okru přes šedý až po sytě červený. Nástěnné malby byly restaurovány, výrazněji poškozené části pak zcela přemalovány. Čtyři barokní oltáře původně umístěné v lodi kostela byly v duchu purismu odstraněny a přemístěny do severního křídla sousedního gotického ambitu. Hlavní oltář s upravenou výzdobou a novým svatostánkem byl posunut do závěru bývalého mnišského chóru a celý interiér nasvětlen plynovými lampami. Okna byla opatřena barevnými vitrážemi.

K severní vnější zdi kostela byly po roce 1904 přemístěny ze svého původního místa u silnice na Nové Ulici čtyři kamenné pylony zobrazující tajemství bolestného růžence z dílny olomouckého sochaře Michaela Scherhaufa.

Křížová chodba

Původní gotický ambit dominikánského kláštera vznikl ve dvou stavebních etapách na přelomu 14. a 15. století. K první fázi výstavby patří severní a východní křídlo vybudované před rokem 1380 dómskou hutí. Zbývající dvě křídla byla dobudována v 80. a 90. letech 14. století a upravena po požárech v letech 1398 a 1404. Původní gotická lomená okna byla v roce 1723 nahrazena barokními, půlkruhově zakončenými. Dnešní úprava a vybavení ambitu pochází z doby posledních historizujících úprav na konci 19. století.

Kaple sv. Alexia

Samostatná kaple u východního křídla ambitu byla původně zasvěcená Navštívení Panny Marie a údajně založená v roce 1380 Václavem z Doloplaz. Jde o jednolodní obdélný prostor s pětiboce ukončeným presbytářem zaklenutým jediným polem křížové klenby, od lodi odděleným lomeným vítězným obloukem. Z původní stavby zůstala zachována pouze její východní část a bohatě profilovaný portál. Vnější plášť presbytáře je opatřen dosud opěráky, gotická lomená okna mají neporušené kružby.

V polovině 19. století došlo ke zřícení klenby lodi, následně v letech 1845-1852 k jejímu novému zaklenutí valenou klenbou a také nové úpravě interiéru. Barokní oltář z roku 1726 vystřídal roku 1886 novogotický a z téže doby pochází také kazatelna. Barokní boční oltáře sv. Vincence a sv. Valentina nebyly po zřícení klenby obnoveny.

Dnešní patrocinium kaple souvisí zřejmě s bratrstvem sv. Alexia zřízeném při této kapli. Od roku 1740 se častěji uvádí pod tímto názvem. Starší označení „česká kaple“ souviselo s kázáním a odpoledními pobožnostmi v českém jazyce.